Veinte años después de que Sora junto con sus fieles amigos, consiguiera poner fin a los sin-corazón y a la organización XIII, todos los mundos han vivido en una paz relativa, unidos aún mas por el vinculo que Sora dejo tras ellos. Pero todo cambia pues los corazones siempre albergan oscuridad y un nuevo, o quizás no tan nuevo enemigo, resurge de las mismas sombras.
Los habitantes de Bastión hueco, Villa crepúsculo y de casi todos los mundos han informado de muchas personas que aseguran haber visto a los sin-corazón resurgir. Ahora, desde el castillo, el rey Mikey ha vuelto a desaparecer, dando ordenes explicitas de reunir a los niños con mayores habilidad para defender los mundos de esta recién amenaza.