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Ninjas de academia
Es la preparación para ser oficialmente un ninja. Tras pasar la prueba final, la cual consiste en presentar ninjutsus determinados, los alumnos graduados (por lo normal a la edad de 12 años) son divididos en grupos de 3, los cuales serán tutelados por un Jōnin, e iniciarán su carrera ninja como gennin.

Genin
Ninjas de grado inferior, los cuales realizan sus misiones en grupos de 3 junto con un Jōnin. A estos se les suele encargar misiones poco importantes como recuperar mascotas o cuidar niños, aunque también se les puede dar misiones de rango C como escoltar a una persona contra bandidos, pero nunca se les enfrenta a otros ninjas.
Chūnin
Significa ninja de nivel medio. Los genin dos veces al año tienen la posibilidad de presentarse al examen de ascenso a chūnin, y si lo superan podrán convertirse en chūnin.
Un chūnin es el encargado de hacer misiones de nivel C y B. Además, puede ser profesor de la academia ninja. Los chūnin tienen derecho a ser el líder de un grupo en una misión si no hay nadie de igual o superior rango en el grupo.
Jōnin
Significa ninja de nivel alto. Los ninjas de este rango tienen la posibilidad de continuar haciendo misiones con otros ninjas de grado, o formar un grupo con 3 genin a su responsabilidad, aunque también pueden entrar en el ANBU. Estos ninja son los únicos a los se les puede confiar una misión de rango A o S, que suelen ser de alta peligrosidad, como asesinatos o espionaje en una aldea rival.
Tokubetsu Jōnin
Los Tokubetsu Jōnin son una categoría especial de jōnin, cuyos miembros tienen, además de ese nivel , una especialización en disciplinas diversas, como interrogador, examinador, rastreador, instructor, etc.
Kage
Kage (Sombra) es el título más alto que un ninja puede recibir, el líder de la aldea. Los kage llevan antepuesto el título del país en el que se encuentra su aldea respectiva.

Otras clasificaciones

Sannin
Los Sannin (Densetsu no Sannin, Tres Ninjas Legendarios) son originarios de la Aldea Oculta de Konoha, y sus nombres son Jiraiya, Tsunade y Orochimaru. Todos ellos poseen un nivel más alto que el de un jōnin, pudiendo equipararse con el Hokage, y su maestro fue el tercer Hokage. El título de sannin se lo dio el entonces líder de la Aldea Oculta de la Lluvia, Salamandra Hanzō, cuando eran jóvenes, por haber sobrevivido a una batalla contra él.
ANBU
ANBU (lado oscuro), contracción de Ansatsu Senjutsu Tokushu Butai ('Fuerza militar especial táctica de eliminación') es una organización de ninjas de élite bajo las órdenes directas del kage. La primera de éstas apareció en Konoha y fue creada por el segundo Hokage, siendo más tarde adoptado por otras aldeas.
Los ANBU de Konoha llevan un uniforme distintivo, con máscaras de animales del zodíaco chino, un tatuaje en el brazo, chaleco plateado y protectores de metal en los antebrazos, así como una katana.

Misiones

Las misiones son algo elemental para el mantenimiento de una aldea. Una aldea ninja puede asignar una misión a uno de sus Ninjas, y cuando esta misión es cumplida la aldea recibe un pago mediante el cuál esta obtiene ingresos. Estas misiones son clasificadas según su dificultad, las misiones están clasificadas de la siguiente forma:

• Rango S: Son misiones extremadamente difíciles. Suelen hacerlas los Mejores Jōnin o a veces el mismo Kage.
• Rango A: Son misiones muy difíciles. Solo los Jōnin o superiores pueden hacerlas.
• Rango B: Son misiones nivel medio. Solo las pueden hacer los Jōnin y los Chunnin, o superiores.
• Rango C: Son misiones fáciles. Solo las pueden hacer los Chunnin y los Genin, o superiores.
• Rango D: Son misiones extremadamente fáciles. Solo las pueden hacer los Genin y superiores.